对于科学放流，湖南省水产科学研究所所长伍远安提出：“科学放流首先要了解放流物种的科学性，明白随意放生外来物种造成的危害”。按照《水生生物增殖放流管理规定》的要求，增殖放流的苗种和亲本应当是本地原生种。农业部规划放流物种主要是具有公有性特征、以洄游性鱼类为重点的游泳动物。包括主要经济物种、珍稀濒危物种、地方特有物种。

主要经济物种中淡水（长江南通段）常见的有四大家鱼（青、草、鲢、鳙）、中华绒螯蟹、长吻鮠、黄颡鱼等；海水（吕四渔场）常见的有日本对虾、三疣梭子蟹、黑鲷、大黄鱼、黄姑鱼等。珍稀濒危物种主要包括胭脂鱼、中华鲟、施氏鲟、达氏鳇、细鳞鱼、松江鲈、青海湖裸鲤、大鲵、海龟、中国鲎等。

农业部《水生生物增殖放流管理规定》明确规定：禁止使用外来种、杂交种、转基因种以及其他不符合生态要求的水生生物物种进行增殖放流。按照以上规定要求，改良种（包括选育种、杂交种和转基因种）、外来种及其他不符合生态要求的物种均不适宜进行增殖放流。目前我国常见的外来水生生物物种包括巴西龟、牛蛙、食人鲳、小龙虾、福寿螺、清道夫、罗非鱼、镜鲤、鳄龟、水葫芦、斑点叉尾鮰、匙吻鲟、杂交鲟等。